民國78年元月30日，教育部為均衡城鄉教育之發展，解決南部藝術學府缺乏之困境，奉行政院同意於臺南縣新設藝術學院，同年成立籌備小組，負責各項籌建事宜，建校用地則由臺南縣政府無償提供官田鄉社子段之土地約57.58公頃。

民國82年7月15日，本校籌備處正式成立。

民國84年元月，本校基地環境影響評估通過，2月4日行政院通過本校建校計畫，5月27日開始整地，8月31日第一期校舍工程動工。

民國85年3月13日，行政院通過本校設置系所計畫，核准於85年7月1日正式設校，並任命漢寶德先生為首任校長，第一年開設音像紀錄、博物館學、造形藝術及藝術史與藝術評論4個研究所。同年10月1日，本校第一屆研究所新生於臺南校園註冊上課。

民國86年9月加設應用藝術及建築藝術2個研究所，以及七年一貫制音樂科系。

民國87年9月增設七年一貫制中國音樂學系、音像動畫研究所

民國87年9月增設

民國88年9月增設古物維護研究所、音像藝術管理研究所

民國91年9月增設應用音樂系、民族音樂學研究所

民國92年9月增設藝術創作理論博士班、鋼琴合作藝術研究所、藝術史學系

民國93年8月改名為國立臺南藝術大學

民國94年9月增設音樂表演與創作研究所

民國95年9月增設材質創作與設計系

民國99年學術單位編制變更為音樂學院包含音樂學系(含碩士班)、中國音樂學系(含碩士班、進修學士班)、民族音樂學研究所(含在職進修班)、鋼琴合作藝術研究所、亞太音樂研究中心。視覺學院由藝術創作理論研究所博士班、造形藝術研究所、應用藝術研究所、建築藝術研究所、材質創作與設計系四所一系所組成。音像學院「音像紀錄研究所」將改制成為「音像紀錄與影像維護研究所」，「音像動畫研究所」及「音像藝術管理所」合併改制為「動畫藝術與影像美學研究所」，音像藝術學院包含音像紀錄與影像維護研究所、動畫藝術與影像美學研究所、應用音樂學系及音像藝術媒體中心、音像資料保存與展示中心。文博學院將藝術史學系與藝術評論研究所合併為藝術史學系(含碩士班)及將物館學研究所與古物維護研究所合併成博物館學與古物維護研究所